공소청 출범을 6개월여 앞두고 검찰이 남은 수사에 속도를 내고 있다. 출범 전 주요 사건을 최대한 마무리하려는 움직임으로 풀이된다. 서울중앙지검 공정거래조사2부 신설도 추진되고 있다. 다만 공소청 전환을 앞둔 시점에서 새 수사부서 설치가 적절한지에 대해 회의적인 시각도 있다. 
현재 주요 지검에는 주가조작, 금융·증권범죄, 대규모 기업비리, 공정거래 사건 등 주요 사건이 다수 남아 있다.
서울중앙지검에는 기업 관련 사건이 집중돼 있다. 반부패수사3부에서 2부로 재배당된 MBK파트너스 사건은 전반적인 재검토가 이뤄지며 신중한 검토가 이어지고 있으나 조만간 결론이 날 것이 릴게임모바일 라는 관측이 나온다. 반부패수사부에는 기업 총수 배임 사건과 비자금 고발 사건 등도 여러 건 남아 있다.
공정거래 분야 수사도 진행 중이다. 공정거래조사부는 전분·당류 담합 의혹과 관련해 대상, 사조CPK, 삼양사, CJ제일제당 등을 압수수색하고 임직원 수십 명을 소환 조사했다. 대상 대표이사와 사업본부장, 사조CPK 대표이사에 대해서는 체리마스터pc용다운로드 구속영장을 청구했다. 이들은 전분당 판매가격을 사전에 조율하고 대형 수요처 입찰 과정에서 가격을 합의한 혐의를 받는다. 수사팀은 담합 구조와 범행 규모를 분석한 결과, 이번 사건을 설탕 담합 사건보다 규모가 큰 것으로 보고 있다. 공정위는 4개 법인에 대해 1차 고발요청권을 행사한 데 이어 대표이사들에 대한 2차 고발요청권도 행사했다.
입 릴게임예시 점 숙박업소를 상대로 '광고 갑질'을 한 혐의를 받는 온라인 숙박 예약 플랫폼에 대해서도 압수수색이 이뤄졌다. 공정위는 야놀자에 5억4,000만 원, 여기어때에 10억 원의 과징금을 각각 부과했다. 이어 중소벤처기업부는 지난 1월 공정거래법 위반 혐의로 두 업체를 검찰에 고발해 달라고 공정위에 요청했다.
최근에는 국제 유가 급등 시기를 틈 오션파라다이스게임 탄 가격 담합 정황을 포착해 SK에너지, GS칼텍스, 에쓰오일(S-OIL), HD현대오일뱅크 등 정유 4사와 한국석유협회를 압수수색했다. 
공정거래조사2부 신설 방안도 검토 중이다. 시기와 인력 규모는 아직 정해지지 않았다. 다만 공소청 전환을 앞둔 상황에서 조직 신설의 필요성과 실효성을 둘러싸고 회의적인 시각도 있다. 수사·기소 분리와 황금성게임다운로드 직접수사권 폐지 기조에 부합하지 않는다는 비판도 나온다.
서울남부지검도 주요 금융 사건을 다수 수사하고 있다. 금융조사1부는 메리츠금융그룹 임원진의 미공개 정보 이용 의혹을 들여다보고 있다. 금융위원회 증권선물위원회는 2025년 7월 메리츠화재 전 사장과 상무급 임원을 자본시장법 위반 혐의로 검찰에 고발했다. 이들은 2022년 11월 메리츠금융지주의 메리츠화재·메리츠증권 합병 발표 정보를 미리 파악한 뒤 가족 계좌로 주식을 매수하고, 발표 후 매도해 수억 원대 차익을 거둔 것으로 조사됐다. 서울남부지검은 압수수색과 관계자 소환 등을 거쳐 수사를 이어가고 있다. 최근에는 수사 범위를 최근 5년간 자사주 매입 전반으로 넓힌 것으로 전해졌다. 메리츠금융지주와 메리츠화재, 메리츠증권 등 계열사 임원들도 추가 혐의선상에 오른 것으로 알려졌다.
금융·증권범죄합동수사부는 전직 대신증권 직원과 기업인의 상장사 주가조작과 레인보우로보틱스 임직원의 미공개 정보 이용 의혹, 쌍방울 대북송금 의혹과 관련된 주가조작 사건, 고려아연 유상증자 부정 거래 의혹 등 자본시장 범죄 수사에 집중하고 있다.